Revista de ciencias farmacéuticas y medicamentos emergentes

Acoplamiento basado en la estructura de péptidos pequeños similares a la hirudina con trombina

Aparna Jadhav, RadhaCharan Dash, Raj Hirwani y Mailk Abdin

Se sabe que las variantes de hirudina, como los péptidos pequeños o los compuestos peptidomemíticos, inhiben la trombina. Se informa que estas moléculas de 10 a 20 aminoácidos de longitud se unen principalmente al exositio 1 de la trombina. Para saber más sobre su interacción con la trombina, inicialmente acoplamos 5 péptidos variantes de hirudina diferentes que tenían secuencias de 10 a 13 aa. Esto ayudó a identificar el mejor péptido de acoplamiento (secuencia de 12 aa), es decir, GDFEEIPEEYLQ (pdb: cadena 1FPH _I) con una puntuación de acoplamiento de -3,42 kcal/Mol, entre el conjunto de péptidos. Este péptido se truncó aún más para formar una serie de péptidos que tenían un rango de secuencia de 7 a 12 aa. Los péptidos truncados se acoplaron aún más en el sitio de unión del exositio 1 de la trombina. Entre estos, se identificó el mejor péptido de acoplamiento de 7 aa, es decir, GDFEEIP, con una puntuación de acoplamiento de -4,43 kcal/Mol. Este experimento ayudó a predecir la mejor secuencia de péptidos posible, muy necesaria para un fuerte acoplamiento de la trombina, y puede ser un péptido competente basado en antitrombina.