Revista de bioinformática aplicada y biología computacional

Modelado de homología

El modelado de homología, también llamado modelado comparativo de proteínas, alude al desarrollo de un modelo de determinación nuclear de la proteína "objetiva" a partir de su sucesión amino corrosiva. En Homology Modeling probamos la estructura tridimensional de una proteína homóloga relacionada (el "diseño"). La expresión "demostración de homología", también denominada visualización similar o visualización basada en formato (TBM), se refiere a demostrar una estructura 3D de proteína utilizando una estructura conocida decidida tentativamente de una proteína homóloga como diseño.

Una estructura proteica siempre es de gran ayuda en la investigación de la capacidad de las proteínas, el progreso, las colaboraciones con ligandos y otras proteínas, e incluso dentro de la industria farmacéutica en la divulgación y descripción de medicamentos basados ​​en la estructura. La visualización de la homología puede proporcionar a los investigadores atómicos y químicos orgánicos estructuras de "baja determinación", que contendrán datos adecuados sobre el curso de acción espacial de los depósitos esenciales en la proteína y que pueden orientar las líneas generales de nuevas investigaciones.

Por ejemplo, el esquema de los análisis de mutagénesis coordinada en el sitio podría mejorarse significativamente si se pudieran utilizar estructuras modelo de "baja determinación". La representación experimental de la estructura de una proteína a menudo puede verse retrasada por problemas para obtener una cantidad adecuada de proteína (clonación, expresión y descontaminación de cantidades de miligramos), por desafíos relacionados con la cristalización, e incluso la fase cristalográfica de la proteína puede convertirse en una fuente de problemas. En este contexto, no es de extrañar que los sistemas que gestionan la predicción de la estructura de las proteínas hayan aumentado mucho su interés. Entre estas técnicas, la estrategia para mostrar la homología la mayoría de las veces da el resultado más confiable. La utilización de esta técnica se debe a la idea de que dos proteínas que pertenecen a la misma familia y que tienen sucesiones amino corrosivas comparativas tendrán estructuras tridimensionales comparativas.