Revista de bioinformática aplicada y biología computacional

Análisis de secuencia

El análisis de secuencias es un campo de investigación biológica en el que se analizan los elementos genómicos de formas de vida distintivas. El análisis de secuencia puede incorporar el alineamiento de secuencia, la agrupación de ADN y otros puntos de referencia estructurales genómicos. En la secuenciación manual, la respuesta ocurre en cuatro tubos únicos, cada uno de los cuales contiene un ddNTP alternativo. En consecuencia, el tubo que contiene ddATP tendrá secciones que terminarán en una adenosina (A), el tubo con ddGTP tendrá piezas que terminarán en una guanina (G), etcétera.

Los elementos de los cuatro tubos siguen corriendo en trayectorias paralelas de un gel. La figura de la derecha demuestra las consecuencias de la secuenciación manual. Los resultados de la secuenciación del ADN pueden imaginarse porque el material preliminar está marcado con una marca radiactiva. Cuando se expuso a un trozo de película de rayos X, la radiactividad reveló que la película parecía una banda opaca. Luego, el científico o especialista examina la sucesión a partir de la película. Los resultados de la sucesión se apilan en cuatro caminos paralelos sobre un gel. En esta ilustración, la primera ruta contiene los elementos de la respuesta que contienen ddCTP.

De esta manera, cada banda que aparece en ese camino habla de un elemento de secuenciación que termina en C. El gel aísla los elementos de secuenciación teniendo en cuenta el tamaño; Las secciones más pequeñas pasan por el gel más rápido que más piezas. Los cuatro caminos se examinan juntos en una jerarquía de niveles desde la base (el más pequeño) hasta el final (el más grande). La línea azul sigue la petición de que se lean los grupos y la sucesión de la sección se demuestra al lado. La respuesta en la secuenciación mecanizada es básicamente la misma que en la secuenciación manual.

Hay dos contrastes principales: marcar y leer. En la secuenciación computarizada, los elementos se marcan con un color fluorescente en lugar de un nombre radiactivo. Hay cuatro colores fluorescentes, cada uno de los cuales se compara con un ddNTP alternativo; ddATP es verde, ddTTP es rojo, ddCTP es azul y ddGTP es amarillo. De esta manera, cada sección tiene un color alternativo en su extremo dependiendo de cuál sea el nucleótido final (ddNTP). Esto permite que los resultados de la secuenciación se sigan ejecutando en un solo camino de un gel en lugar de en cuatro caminos paralelos.