La limnología es el estudio de las interrelaciones estructurales y funcionales de los organismos de las aguas continentales : lagos (tanto de agua dulce como salinas), embalses, ríos, arroyos, humedales y aguas subterráneas, a medida que les afectan sus entornos dinámicos físicos, químicos y bióticos.
La disciplina limnológica integra las relaciones funcionales de crecimiento, adaptación, ciclos de nutrientes y productividad biológica con la composición de especies, y describe y evalúa cómo los ambientes físicos, químicos y biológicos regulan estas relaciones.
La palabra limnología se deriva del griego limne - pantano, estanque y del latín limnaea - cosa perteneciente a un pantano.