Revista de fisiología y patología vegetal

Identificación y análisis filogenético de contaminantes fúngicos del banano in vitro basados ​​en la secuencia de regiones ITS

Animasaun, D. A

El cultivo de tejidos vegetales ofrece un medio para la producción rápida de plantas libres de enfermedades en grandes cantidades, sin embargo, la contaminación por hongos es una limitación importante para su aplicación exitosa. Este estudio caracterizó, identificó y realizó un análisis filogenético de los hongos contaminantes del banano cultivado in vitro con base en la secuencia de las regiones interespaciales (ITS). El ADN genómico se extrajo de un cultivo puro de hongos contaminantes. La amplificación por reacción en cadena de la polimerasa y la secuencia corta de Illumina se llevaron a cabo utilizando los cebadores ITS1 e ITS4. Las secuencias de nucleótidos se alinearon para el consenso y se compararon con NCBI GenBank utilizando la herramienta de búsqueda de alineación local básica (BLAST). El análisis de las secuencias utilizando el software MEGA 7 en una secuencia de mayor similitud identificó cinco Aspergillus spp., tres Penicillium spp., 1 de cada una de las especies de Fusarium, Trichoderma y Cladosporium como contaminantes. La distancia genética general entre las especies de hongos fue de 0,205 y la probabilidad compuesta máxima de sustitución de nucleótidos mostró que la thyamina es la más estable. Los hongos se agruparon en tres grupos principales a una distancia genética de 0,10 que se subdividieron en cinco grupos. Un grupo y un subgrupo de cinco cepas de Aspergillus; un grupo principal de tres cepas de Penicillium; un grupo que comprende Fusarium chlamydosporum y Trichoderma viride; y, un único hongo Cladosporium tenuissimum. El grupo Aspergillus estaba filogenéticamente relacionado con A. flavus y A. parrisclerotigenus, las especies de Penicillium identificadas estaban estrechamente relacionadas con Penicellium citrinum, mientras que el Cladosporium detectado se alineaba con Cladosporium tenuissium y Phoma multirostrata. El estudio concluye que la identificación molecular de los hongos contaminantes cubre los inconvenientes de los métodos convencionales y la información proporcionada podría ser útil para el desarrollo de un protocolo de esterilización específico y eficaz para minimizar la contaminación durante el procedimiento de cultivo in vitro.