La ecología microbiana es el estudio de los microbios en el medio ambiente y sus interacciones entre sí. Los microbios son las criaturas más pequeñas de la Tierra; sin embargo, a pesar de su pequeño tamaño, tienen un impacto enorme en nosotros y en nuestro medio ambiente. La ecología microbiana puede ayudar a responder algunas de nuestras preguntas más prácticas, como "¿Cómo podemos mejorar nuestras vidas?" así como preguntas básicas como "¿Por qué estamos aquí?" La ecología microbiana puede mostrarnos nuestro lugar en el cosmos: cómo se originó la vida y cómo evolucionó, y cómo estamos relacionados con la gran diversidad de todos los demás organismos.
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