La técnica asistida por marcadores, también llamada reproducción asistida por marcadores (MAB), evita este problema mediante el uso de marcadores genéticos que están vinculados al rasgo deseado. Una vez que sean capaces de identificar una secuencia genética que siempre esté vinculada a la resistencia a las enfermedades, podrán hacerlo. MAS puede ser más eficiente, eficaz y confiable que la selección fenotípica. Además, la MAS puede acortar significativamente el tiempo de desarrollo de las variedades, por lo que en algunos casos será más rentable que la selección basada en fenotipos. MAS también permite la reproducción de rasgos complejos que no eran factibles mediante métodos convencionales anteriores. Aunque ciertamente no es la solución milagrosa para todos los problemas, MAS es un enfoque prometedor para el fitomejoramiento convencional.
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