La asociación mutualista positiva entre las comunidades de plantas y hongos es esencial para el crecimiento y la mejora de la resistencia a patógenos de las plantas hospedantes. Las principales asociaciones potenciales de micorrizas reportadas en diferentes tipos de hongos micorrízicos son micorrizas arbusculares, ectomicorrizas, micorrizas ericoides y micorrizas de orquídeas que juegan un papel clave en la dinámica de los ecosistemas de plantas y suelos. El análisis de pirosecuenciación de las raíces es una de las técnicas avanzadas utilizadas para investigar las comunidades de hongos asociadas a las raíces.
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