Las interacciones entre la planta huésped y sus patógenos (bacterias, hongos, virus, oomicetos y nematodos) se describen como interacciones planta-patógeno. Se siguen métodos genéticos y estadísticos avanzados para el desarrollo de plantas resistentes a enfermedades. Patógenos vegetales más estudiados de bacterias ( Pseudomonas syringae , Xanthomonas campestris ), hongos ( Colletotrichum destructivum , Botrytis cinerea , Golovinomyces orontii ), oomicetos ( Hyaloperonospora spp. ), virales (virus del mosaico de la coliflor (CaMV), virus del mosaico del tomate (TMV)) y nematodo ( Meloidogyne incognita , Heterodera schachtii ).
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