Los microbios del suelo que causan enfermedades en plantas, humanos y animales se denominan patógenos del suelo. Los patógenos invasores del suelo afectan las comunidades microbianas útiles del suelo y limitan el crecimiento y el rendimiento de las plantas. Los tres grupos importantes de microbios que tienen efectos más fuertes sobre la composición y el funcionamiento del ecosistema son los patógenos del suelo (hongos, bacterias y virus), los parásitos patógenos del suelo (nematodos), los simbiontes mutualistas y los descomponedores.
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