La contaminación del suelo es una gran amenaza para el suelo debido a los productos químicos industriales y agrícolas xenobióticos (fabricados por el hombre) y otros desechos inadecuados que provocan la alternancia en el mecanismo natural del suelo y el entorno del suelo. Estos contaminantes tienen vidas medias más largas y normalmente alteran la microbiota del suelo involucrada en las actividades metabólicas de las plantas.