Una red metabólica de reacciones químicas a escala genómica que tienen lugar dentro de un organismo vivo se reconstruye principalmente a partir de la información presente en su genoma e implica pasos tales como la anotación funcional del genoma, la identificación de las reacciones asociadas y la determinación de su estequiometría. asignación de localización, determinación de la composición de la biomasa, estimación de los requisitos energéticos y definición de las restricciones del modelo. Esta información puede integrarse en un modelo estequiométrico de metabolismo que puede usarse para un análisis detallado del potencial metabólico del organismo utilizando enfoques de modelado basados en restricciones y, por lo tanto, es valioso para comprender sus capacidades metabólicas.