La metagenómica se define como una rama de la genética que se ocupa del estudio del material genético a partir de muestras ambientales. Es el análisis genómico de microorganismos mediante extracción directa y clonación de ADN. La metagenómica se ocupa del estudio de microorganismos que no pueden cultivarse. La metagenómica ha surgido como una herramienta poderosa que puede usarse para analizar comunidades microbianas independientemente de la capacidad de los organismos miembros para ser cultivados en el laboratorio.
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